وقتی علی دایی در آغاز لیگ برتر سیزدهم هدایت پرسپولیس را بر عهده گرفت، محمد قاضی با پیوستن به استقلال به دوران کوتاه حضور در جمع قرمزها پایان داد.
شعارهای هواداران استقلال برای مدتی به این انتقال ظاهری جنجالی بخشیده بود اما نمایش قاضی در باشگاه آنقدر درخشان نبود که این جنجال مدت زیادی دوام بیاورد. دایی و قاضی در صبا به هم رسیدند. در لیگ پانزدهم. در طول فصل قاضی فقط 5 بار دروازه رقبا را باز کرد اما شهریار به اندازهای به این بازیکن اعتقاد پیدا کرده بود که او را در فهرست خریدهایش برای نفت تهران قرار داد. مهاجم سابق تیم ملی، در نفت انتظار علی دایی را برآورده کرد. 12 گل در لیگ، قاضی را درجمع بهترین گلزنان فصل قرار داد و 3 گل او در جام حذفی برای حرکت نفت به سوی قهرمانی کلیدی بود.
دایی و قاضی در کنار هم سهمیه آسیا را به دست آوردند اما 24 ساعت بعد، دایی سرمربی جدید سایپا شده بود. به نظر میرسد سایپا، سومین تیم مشترک این مربی و این بازیکن در فوتبال ایران باشد. بعد از خرید عباسزاده، شهریار تصمیم دارد خط حمله تیمش را با جذب قاضی بیشتر تقویت کند تا مشکل گلزنی نارنجیها در فصل گذشته به فراموشی سپرده شود. محمد قاضی یکی از گزینههای جدی شهریار در پنجره نقل و انتقالات به شمار میرود و این قرارداد دیر یا زود بسته خواهد شد.